（１）皮肤、肌肉皮下脂肪小出血点见于败血症；传染性腔上囊病时，常有股内侧肌肉出血；皮肤型马立克病时，皮肤上有肿瘤。
（２）消化器官主要观察口腔、食管、嗉囊、腺胃、肌胃、小肠、盲肠、直肠与泄殖腔、肝脏、脾脏（虽不属消化器官，在此一并叙述）、胰脏等。
１）口腔有些疾病在口腔内有病变，如患有维生素Ａ缺乏症时，可见脓疱样小白点；患黏膜型鸡痘时，有的病鸡在口腔内有痘疹和假膜或舌苔。
２）腺胃病变多发生于腺乳头、胃黏膜、腺胃肌胃交界处及腺胃食管交界处，出现出血点、出血斑、出血条纹和糜烂等。多见于新城疫、传染性法氏囊、禽流感、霍乱等传染性疾病。
３）肌胃病变经常出现在角质层下或角质层，表现为出血、溃疡、糜烂、变色。当鸡患有急性败血性传染病（如新城疫、传染性法氏囊、禽流感等）时，常在角质层下有出血点或出血斑，有的出现溃疡、糜烂；当鸡药物中毒时，角质层变色，内容物有异味。如雏鸡痢特灵中毒时，角质层颜色变黄；有机磷中毒时，内容物有大蒜味等。
４）小肠小肠常见的病理变化有炎症、出血、坏死、有假膜、肠管内有干酪样物等，有很多疾病发生后，在小肠可发现病理变化。
如可引起小肠炎症的疾病有禽霍乱、鸡白痢、鸡伤寒、鸡副伤寒、大肠杆菌病、链球菌病、肉毒梭菌病、球虫病、肠炎等；可引起小肠黏膜出血（或充血）的疾病有鸡新城疫（前端）、禽霍乱（十二指肠最明显）、鸡伤寒、鸡副伤寒、大肠杆菌病、链球菌病、肉毒梭菌病、球虫病、肠炎等；可引起小肠溃疡、坏死的疾病有鸡新城疫、鸡白痢、球虫病等；可引起小肠壁增厚、肠黏膜上有一层假膜的疾病有鸡新城疫、禽霍乱、鸡伤寒、鸡副伤寒、链球菌病、球虫病等；患鸡白痢时，小肠内有时有干酪样栓塞。
５）盲肠盲肠常见的病变有出血、肠腔内有干酪样栓塞等。可引起盲肠出血的疾病有鸡球虫病；在盲肠内形成干酪样栓塞的疾病有鸡球虫病、鸡白痢、鸡伤寒、鸡副伤寒、黑头病、马立克病等。
６）直肠与泄殖腔鸡患有新城疫、霍乱病时，可见直肠与泄殖腔出血及溃疡；患有传染性法氏囊病时，法氏囊充血、肿胀，内有胶
冻样物。
（３）生殖器官生殖器官主要包括卵巢（睾丸）和输卵管（输精管）。
１）卵巢常见的病变有出血、变形、萎缩、肿瘤等。鸡患新城疫病时，卵黄膜充血、出血、破裂；患传染性支气管炎时，卵泡充血、出血，卵泡血肿、变形；患禽霍乱时，卵巢出血，卵黄膜破裂；患鸡白痢时，卵巢上的卵泡变形，卵黄为绿色、棕色、黑色等多种颜色，卵黄破裂，流入腹腔，发生腹膜炎；患有伤寒病时，卵黄为绿色、棕 色、黑色等多种颜色，卵黄破裂，流入腹腔，发生腹膜炎；患有大肠杆菌病时，卵黄膜充血，卵黄肿胀、破裂，流入腹腔，发生腹膜炎。
２）输卵管常见的病变有充血、出血、水肿、增厚、变薄，内有渗出物或干酪样物。产蛋下降综合征、禽流感和传染性支气管炎引起输卵管充血、出血、水肿、增厚、内有渗出物或干酪样物病变。
（４）呼吸器官呼吸器官主要包括喉、气管、支气管、肺、气囊。
１）喉与气管该部的主要病变有炎症、充血、出血、有渗出液或黏液增多、黏膜肥厚等。患传染性支气管炎病时，鸡喉头与气管内分泌物增加；患传染性喉气管炎病时，鸡喉头与气管黏膜增厚、出血，有脓性分泌物；患鸡新城疫时，鸡喉头与气管黏膜充血、出血，有的病鸡有分泌物；患支原体病时，鸡喉头与气管黏膜增厚，有大量黏液；患鸡霍乱及传染性鼻炎病时，鸡喉头及气管很少见有渗出物。
２）支气管及肺肺的主要病变有炎症、气肿、水肿、出血，有时见到有小结节或肿瘤。患传染性支气管炎病时，鸡肺部有渗出液；患传染性喉气管炎病时，鸡有支气管肺炎；患有马立克病时，鸡肺部有肿瘤；患有禽流感、霍乱病时，鸡肺部水肿、淤血；雏鸡患有白痢时，肺表面有白色针尖大小的病灶；患有曲霉菌病时，肺部有米粒大小的白色结节，有时还可见到青绿色的霉菌斑。
３）气囊主要病变有发炎、增厚、浑浊、有干酪样物。患有支原体时，气囊肥厚、浑浊、有干酪样渗出物，有时传染性喉气管炎也有此病变；鸡患有霍乱、新城疫、大肠杆菌病、传染性鼻炎时，气囊表面有黄色干酪样渗出物；患有曲霉菌病时，气囊表面有米粒大小的白色结节，还可见到青绿色的霉菌斑。
（５）泌尿器官主要包括肾和输尿管。大部分疾病可引起肾脏的水肿和充血，除此之外新城疫还使输尿管中积蓄大量尿酸盐；肾型传染性支气管炎肾脏退色； 鸡患有白痢病时，肾小管和输尿管中沉积大量的尿酸盐；痛风病及维生素Ａ缺乏症使输尿管极度扩张，内有尿酸盐沉积，肾脏苍白、肿胀。
（６）淋巴器官容易出现病变的淋巴器官有法氏囊、盲肠扁桃体等。
１）法氏囊主要病变有水肿、黏膜充血、出血、囊内有炎性渗出物或干酪样物等。这是传染性法氏囊病的特征性病变。
２）盲肠扁桃体常见的病变有肿胀、充血和坏死。与许多急性败血性疾病有关，无明显的特异性。
（７）神经组织主要指脑和外周神经。
１）脑常见的病变有水肿、充血、出血、脑软化等。如患维生素Ｅ和硒缺乏症时，表现为脑水肿、小脑软化；患传染性脑脊髓炎时，脑水肿、充血、出血。
２）外周神经常见的病变有肿胀。鸡患马立克病、维生素Ｂ２缺乏症时，坐骨神经肿胀几倍。
说明：
实验室诊断在鸡的疾病诊断过程中，一般疾病可通过流病学、临床症状、病理变化，做出较为准确的诊断；但有时某些疾病缺乏明显临床症状和病理特征，此时必须借助实验室手段，才能做出正确的诊断。实验室诊断一般包括细菌的分离培养、生化试验、血清学诊断（包括凝集试验、琼脂扩散试验、病毒中和试验等）。
这些化验诊断技术可参考有关兽医书籍，或直接将相关组织病料送专门的兽医化验部门。