高新技术企业认定专项审计，是指注册会计师接受申报企业委托，对其最近三个会计年度(实际经营不满三年的按实际经营年限)的研究开发费用结构明细表和最近一个会计年度的高新技术产品(服务)收入明细表进行审计，并出具专项审计报告。高新技术企业认定专项审计是目前中介机构的一项新业务，目前在判断研究开发项目的性质上存在难点。
高新技术企业认定专项审计需要注册会计师对申报企业的研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表发表审计意见，而申报企业的研究开发费用和高新技术产品(服务)收入的发生频率往往较高，单纯实施实质'陛测试难以为专项审计意见提供充分适当的审计证据，因而，注册会计师对申报企业内部控制的了解和测试就成为降低审计风险的重要方法.