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食品流通许可证，是对食品流通许可证的发放、发放条件、发放程序以及与食品卫生许可证的衔接等问题予以明确。2014年10月23日之前，国务院规定对食品经营者必须坚持先证后照，未取得前置审批文件，不得办理注册登记手续。2014年10月23日，国务院通过关于取消和调整一批行政审批项目等事项的决定（国发〔2014〕50号），改为后置审批，规定对食品经营者必须先照后证。

己废止，各地工商管理部门应不再办理发放新证。2015年11月10日，国家工商行政管理总局发布关于废止《流通环节食品安全监督管理办法》和《食品流通许可证管理办法》的决定（国家工商行政管理总局令第79号），决定废止《食品流通许可证管理办法》（2009年7月30日国家工商行政管理总局令第44号）。