格子门分三个部分。中间一横条在宋代称为腰串（清代称为索腰，日语称为中栈）、腰串之上留格眼，腰串下安装障水板（日语作腰板）。除腰串外，格眼约占门高的三分之二，障水板占三分之一。明代的格子门，为了增加亮光，格眼与障水板的比例增加到七比三或八比二。日本、朝鲜、琉球式格子门有部份没有障水板，只有腰串，腰串上下皆为格眼；也有些亦有些整扇门都是格眼，没有腰串和障水板。亦有些只有障水板、格眼，没有腰串。日本称有障水板、腰串的推拉式格子门为栈唐户，有障水板的横拉式格子门则称为腰付障子。

有些格子门的格眼没有任何覆盖物，古代的格子门有些会糊上纸或牡蛎壳片，可遮光和挡风。近现代有些格子门的格眼以玻璃覆盖，也有些以化学纤维代替纸张作为覆盖。