黄蜡石的成因关于黄蜡石的形成原因，近年来各地多有研究。
浙江省地质矿产研究所、浙江省珠宝玉石首饰鉴定中心，对省内黄蜡石资源进行野外实地调查，并对其宝石学、矿物学特征进行了系统研究，认为产出黄蜡石的最古老的地层是震旦系上部皮园村组化学成因的硅质岩，经成岩、变质及风化磨蚀而形成。中生代火山岩中产出的大量硅质岩脉也提供了丰富的成矿“原料”。
黄蜡石的原岩均为硅质岩，各种原岩受到构造变动、火山活动、热液作用等影响，产生复杂的物理和化学变化，包括重结晶、热变质等，导致矿物成分及结构构造的变化，后受构造变动的影响，岩石露出地表，与地表酸性土壤环境长期接触，或在溪流中长期磨蚀，经历染色、磨圆，形成河谷中的籽料。
黄蜡石矿藏中有原生矿和次生矿之分，原生矿是指产自岩体中的矿体，俗称“山料”；次生矿是指脱离母矿的石英岩，在表生作用下，离开原生矿体在异地形成的矿藏，具体有残坡积型、水系冲积砂矿（籽料）和山流水三种存在形式。对于上述三种存在形式的黄蜡石形成原因，江西师范大学吕桦教授有更为详尽的研究表述。
他认为，构成黄蜡石的岩石为石英岩，是一种分布广泛、成因多样、由二氧化硅组成的岩石。石英岩从成因上又可分为岩浆岩类石英岩和变质岩类石英岩两种类型，岩浆岩类石英岩由富含二氧化硅岩浆冷凝而成，缓慢冷凝，形成了显晶质石英，迅速冷凝，则形成隐晶质石英。变质岩类石英岩主要有因化学或生物化学作用形成的硅质岩、硅质胶结的石英砂岩和沉积作用形成的石英砂岩，其中石英砂岩在一定温度、压力下产生变质作用，形成新的石英岩，是形成黄蜡石的重要基础。
黄蜡石在形成过程中经历了构造、岩浆、变质等内动力地质作用和风化、剥蚀、搬运、沉积等外动力地质作用。构造作用产生的断裂将整个岩体分为一块块独立的个体，坠入山坡、河流中；风化作用改变了原岩的质地、色彩和纹理；长期的水流、风沙给岩石造成冲蚀和吹蚀；岩石在搬运过程中产生的滚动、碰撞，使得岩石的棱角被磨蚀，变得圆润而光滑或玲珑多变；氧化作用、交代作用和浸润作用则形成多种色彩，如铁的氧化和三价铁的长期渗透、浸染，使黄蜡石呈现出高贵典雅的黄色。
不同的受力作用和过程，产生了黄蜡石不同的表现形态，原生矿料就是玉石界所称的“山料”；次生矿料的“山流水”，系石英原岩受地质作用散落在山沟、河床浅表，经长期风化、剥蚀、氧化和矿物元素浸染而成；“籽料”，则是石英原岩受地质作用分裂、滚入河流中，经过长期的水流搬运、冲刷和矿物元素浸染而成。