需要加入适当的发酵菌种。发酵菌种根据不同种类配置不同的菌种。发酵后罐体内留有菌种，后期发酵不需要另外添加。生产过程是一个循环需要5~7天，连续发酵，每天出成品及每天进原料。
臭气控制系统，有机肥发酵罐配有除臭装置，采用先进的生物除臭系统，全程密闭处理。臭气处理后变成符合环保要求的气体排放。
除臭系统由引风机、水泵、喷淋系统、吸附系统、除臭塔以及各种连接管道组成，引风机将发酵过程中产生的臭气（主要是NHH2S等）经管道吸进除臭塔，经过喷淋、吸附等处理后排除，喷淋水是循环水，用水量很少，经过一段时间后排出收集上地。
目前规模化养殖场有机肥生产主要采用条垛堆肥和槽式堆肥发酵方式，存在诸多问题。比如占地面积大。费人工，臭味大，工作环境恶劣，发酵效果受外界环境影响，发酵时间长，腐熟不彻底等。一般都没有除臭系统，所以对环境气体危害很大。