生物药厂工程设计也要包括以下几个方面。
第一，工厂总图设计。在厂址确定之后，涉及厂区各区域的划分和布局、车间和其他设施的组成和布局、运输系统的布局，厂区管线(物料、水、电汽、气等)的布局、绿化布局、远期发展、布局规划等。
第二，洁净室空调工艺设计。涉及工艺流程、设备选购、生产能力估算、劳动定员和生产班制、车间水、电汽(气)、冷公用工程量的估算、管道计算和设计、设计说明书的编写、概预算的编写、此外还要对其他专业提出要求。
第三，其他设计。采暖通风、供热、供电(照明和动力)、供汽(气)、弱电、火灾报警、自控仪表、工程经济、总图运输、管道等。
用培养皿沉降菌，用碰撞式采样器或过滤采样器测定游浮菌，还应遵守以下规定：
１、采样装置采样前的准备及采样后的处理，均应在设游高效空气过滤器排风的负压实验室进行操作，该实验室的温度应为２２±２℃；相对湿度为５０％±１０％；
２、采样仪器应消毒灭菌；
３、采样器选择应审核其精度和效率，并有合格证书；
４、采样装置的排气不应污染洁净室；
５、沉降皿个数及采样点、培养基及培养温度、培养时间应按有关规范的规定执行；
６、洁净室浮游菌采样器的采样率宜大于１００Ｌ／min；
７、碰撞培养基的空气速度应小于２０m/s。
许多行业的生产环境要求必须是无尘车间，许多客户在无尘车间建设完工之后，并不了解如何才能判断无尘车间是否达标，是否满足自己企业的生产需求，那么在对无尘车间进行测试时都需要通过哪几项的测试呢？根据IES－RP－CC006．2无尘车间测试的标准，无尘车间的工作状态分为空态、静态和动态三种，测试方式取决于无尘车间设计的类型和无尘车间所处的工作状态。
在无尘车间的建造合同中通常只指定了最基本的空态测试，而静态和动态测试常常因为紧张的工期而被遗漏。但我们仍建议承建商和业主在静态和动态条件下都对无尘车间进行测试。这将确保无尘车间的建造符合设计要求。静态和动态两种不同条件下测试结果的对比将对分析无尘车间所存在的问题提供很有效的帮助。例如：在静态条件下洁净度达标而到了动态条件下却超标。这可能是因为糟糕的无尘车间管理：安装机器时不规范的清洁，不恰当的清洁程序，不严格的纪律管理，不正确的机器放置位置（挡住了回风口或阻断了过滤器的送风）等。因此，我们建议在空态和动态时都要对无尘车间进行测试。