制药厂洁净室工程设计注重节能、环保和消防措施。环境工程贯彻于主体工程同时设计、同时施工、同时投产的“三同时”原则。而项目设计不仅要满足项目实施的需要，还要同时为企业的未来发展留有余地。
具体而言，洁净空调系统通常按不同的功能区设计，基本各功能区独立空调，是工程部运行维护的重点，也通过充分的验证及BMS/EMS监控来保障。
纯化水系统中是否一定要配置EDI也可根据生产需求。此外，压缩空气分配系统0.22μm的除菌过滤器的安装位置，分析结果可为动力房等非洁净区用点，该类用点无需经过除菌过滤。
洁净室悬浮微生物法应采用离心式、狭逢式和针孔式等碰击式采样器，采样时间应根据空气中微生物浓度来决定，采样点数可与测定空气洁净度测点数相同。各种采样器应按仪器说明书规定的方法使用。沉降微生物法，应采用直径９０mm培养皿，在采样点上沉降３０mm后进行采样，培养皿最少采样数应符合表Ｂ.５.２的规定。
背压补偿模式测试：为了使测得风量值更接近于风量的真实值，减小由于风量罩对系统造成压损而产生的测试误差。建议在风量大于1500 m/h时采用背压补偿模式测试,
1）当测试模式为“B.Press”时，按下“START”键仪器开始测量，风量稳定后测试自动停止。
2）界面提示“打开背压板”，手动把背压板打开后，按下“START”键，仪器开始测试。
3）测试结束后仪器自动停止，显示经过背压补偿后的风量值。
4）若对停止时的风量进行保存，可以按“SAVE”键将本次测得风量值保存，“Cycle”自动加1。
许多行业的生产环境要求必须是无尘车间，许多客户在无尘车间建设完工之后，并不了解如何才能判断无尘车间是否达标，是否满足自己企业的生产需求，那么在对无尘车间进行测试时都需要通过哪几项的测试呢？根据IES－RP－CC006．2无尘车间测试的标准，无尘车间的工作状态分为空态、静态和动态三种，测试方式取决于无尘车间设计的类型和无尘车间所处的工作状态。