生物药厂工程设计也要包括以下几个方面。
第一，工厂总图设计。在厂址确定之后，涉及厂区各区域的划分和布局、车间和其他设施的组成和布局、运输系统的布局，厂区管线(物料、水、电汽、气等)的布局、绿化布局、远期发展、布局规划等。
第二，洁净室空调工艺设计。涉及工艺流程、设备选购、生产能力估算、劳动定员和生产班制、车间水、电汽(气)、冷公用工程量的估算、管道计算和设计、设计说明书的编写、概预算的编写、此外还要对其他专业提出要求。
第三，其他设计。采暖通风、供热、供电(照明和动力)、供汽(气)、弱电、火灾报警、自控仪表、工程经济、总图运输、管道等。
集中空调系统中风口处的气流比较复杂，测量工作难度较大。只有不能在分支管处测量，才在风口处测量，一般采用风口风量罩和风口风速法。
相对于风口风速法，风量罩能迅速准确地测量风口平均通风量，无论是安装在天花板、墙壁或者地面上的送、回、排风口，配备相应的传感器都可以直接读出风速、压力和相对温湿度，尤其适用于对于散流器式风口。使用时将罩口紧贴天花面，使风口整体完全包容，就可以直接读取。
在无尘车间的建造合同中通常只指定了最基本的空态测试，而静态和动态测试常常因为紧张的工期而被遗漏。但我们仍建议承建商和业主在静态和动态条件下都对无尘车间进行测试。这将确保无尘车间的建造符合设计要求。静态和动态两种不同条件下测试结果的对比将对分析无尘车间所存在的问题提供很有效的帮助。例如：在静态条件下洁净度达标而到了动态条件下却超标。这可能是因为糟糕的无尘车间管理：安装机器时不规范的清洁，不恰当的清洁程序，不严格的纪律管理，不正确的机器放置位置（挡住了回风口或阻断了过滤器的送风）等。因此，我们建议在空态和动态时都要对无尘车间进行测试。
我们进行无尘车间气流流型(单向流)的检测,明确无尘车间内的设备或设施对气流的影响,选择或改善气流流型使之产生最小的湍流(涡流)，增加无尘车间最大的自净能力或恢复率，缩短自净时间。在紊流洁净室中，风的输送和混合都是紊流方式进行的。为确保污染物被清楚，无尘车间的各个部分必须均实现良好的空气混合。
气流流形的检测应按以下步骤进行：
1：布置测点：1)垂直单向流无尘车间选择纵、横剖面各一个，以及距地面高度0.8m、1.5m的水平面各一个;水平单向流无尘车间选择纵剖面和工作区高度水平面各一个，以及距送、回风墙面0.5和房间中心处等3个横剖面，所有面上的测点间距均为0.2m~1m；2)乱流无尘车间选择通过代表性送风口中心的纵、横剖面和工作区高度的水平面各一个，剖面上的测点间距为0.2m~0.5m，水平面上测点间距为0.5m~1m。两个风口之间的中线上应有测点。
2：测定方法：用发烟器或悬挂单丝线的方法逐点观察和记录气流流向，并可用量角器量出角度，发烟源可用超声波雾化(0.5um~50um水雾)的去离子(DI)水、喷射方法生成的乙醇或二醇、固态二氧化碳(干冰)等，在高强度光源下示踪。在确保对人和物无伤害时可以四氯化钛(TiCl4)作示踪粒子。