生物药厂工程设计也要包括以下几个方面。
第一，工厂总图设计。在厂址确定之后，涉及厂区各区域的划分和布局、车间和其他设施的组成和布局、运输系统的布局，厂区管线(物料、水、电汽、气等)的布局、绿化布局、远期发展、布局规划等。
第二，洁净室空调工艺设计。涉及工艺流程、设备选购、生产能力估算、劳动定员和生产班制、车间水、电汽(气)、冷公用工程量的估算、管道计算和设计、设计说明书的编写、概预算的编写、此外还要对其他专业提出要求。
第三，其他设计。采暖通风、供热、供电(照明和动力)、供汽(气)、弱电、火灾报警、自控仪表、工程经济、总图运输、管道等。
用培养皿沉降菌，用碰撞式采样器或过滤采样器测定游浮菌，还应遵守以下规定：
１、采样装置采样前的准备及采样后的处理，均应在设游高效空气过滤器排风的负压实验室进行操作，该实验室的温度应为２２±２℃；相对湿度为５０％±１０％；
２、采样仪器应消毒灭菌；
３、采样器选择应审核其精度和效率，并有合格证书；
４、采样装置的排气不应污染洁净室；
５、沉降皿个数及采样点、培养基及培养温度、培养时间应按有关规范的规定执行；
６、洁净室浮游菌采样器的采样率宜大于１００Ｌ／min；
７、碰撞培养基的空气速度应小于２０m/s。
所有的无尘车间测试基本上都是基于国际认可的标准（如ISO14644－1；IEST－RP－CC006．2；NEBB手册和已被终止的FS－209E）。这些标准和惯例对无尘车间的测试和认证提供了最基本的指导。而事实上，无尘车间的业主和承建商因产品，工艺的要求而对无尘车间的技术指标，测试方式和验收标准有相对于上述标准不同的协议。
我们所推荐的无尘车间测试项目包括过滤器风速有其均匀性、过滤器安装检漏、压差、气流平行度、洁净度、噪声、光照度、湿／温度等等。这些是基本的测试项目，它包括了主要的和辅助的测试项目。这些项目应于无尘车间最初设计的标准和参数相一致，测试认证应在无尘车间移交业主前完成。
所有无尘车间测试项目中有4个主要项目（过滤器风速及其均匀性、过滤器安装检漏、压差和洁净度）是最重要和最基本的。在设备进入无尘车间前必须完成。其它的一些辅助测试项目如气流平行度（只适用于单向流无尘车间）、温、湿度、光照度、噪声也需要完成，因为它们与无尘车间中空气的运动和环境参数有关。我们认为至少在动态条件下需要做以上这些辅助测试。