用地指标单列。目前国土资源部计划指标单列的只有农村建设用地及农民住房建设，每年按照不低于5%的比例由地方安排。《通知》规定，城镇低效用地再开发试点涉及边角地、夹心地、插花地等新增建设用地的，要纳入土地利用年度计划，依法办理用地手续，或按照城乡建设用地增减挂钩政策规定处理。而此次《意见》要求，铁路建设综合开发所需土地，需要新增建设用地指标的，由国土资源部单列。这是从国家层面上推动铁路用地综合开发，使之不受地方限制。
提出设置空间权，分层出让。《意见》规定，利用铁路用地进行地上、地下空间开发的，在符合规划的前提下，可兼容一定比例其他功能，并可分层设立建设用地使用权。分层设立的建设用地使用权，符合《划拨用地目录》的，可按划拨方式办理用地手续；不符合《划拨用地目录》的，可按协议方式办理有偿用地手续。
2007年《物权法》和2012年《国土资源部关于大力推进节约集约用地制度建设的意见》，对地役权作出了原则性规定，提出“鼓励地上地下空间开发利用，完善地上地下建设用地使用权配置方式、地价确定、权利设定和登记制度”，但尚缺乏可操作的办法。此次《意见》允许在土地垂直空间内多层规划公共交通、住宅、商场、社区配套甚至是大型绿化，进而以协议方式分层出让，有利于拓展土地开发利用空间。铁路建设中，这种规划和出让管理方式可以使各种土地功能之间互相加强，减少重复建设，节约了建设成本，同时也增加了土地收益，值得提倡。