第一步，申请人提交一份正式的应由其授权代表签署的申请书.申请书或其附件应包括:如组织的性质、名称、地址、法律地位、以及有关人力和技术资源；
申请ISO9001认证的覆盖的产品或服务范围；法人营业执照复印件，必要时提供资质证明、生产许可证复印件；有关质量体系及活动的一般信息。 申请人同意遵守认证要求, 提供评价所需要的信息。
第二步，收到申请方申请材料之日起, 经合同评审以后30天内作出受理、不受理或改进后受理的决定, 并通知委托方（受审核方）。
以确保：
A.认证的各项要求规定明确, 形成文件并得到理解;
B.认证机构与申请方之间在理解上的差异得到解决;
C.对于申请方申请的认证范围, 运作场所及一些特殊要求, 如申请方使用的语言等,认证机构有能力实施认证。
第三步，双方签订“质量体系认证合同”。在现场审核前, 申请方的ISO9001标准建立的文件化质量体系，运行时间应达到3个月，至少提前2个月顾问认证中心提交质量手册及所需相关文件
（1）为了获得认证，企业必须请经认可机构认可的质量体系认证机构对其质量体系进行审核，因此必须严格按照规范化的程序开展工作，有利于企业管理绩效的提高；
（2）更容易得到市场和顾客的认同；
（3）可以在公开媒体上宣传其认证资格，有利于提高市场形象；
（4）由于认证审核的目的是检查质量体系是否具备确保产品满足顾客要求的能力，因此质量管理体系认证相当于顾客对单位的考察；
（5）获证企业将能够（1）为了获得认证，企业必须请经认可机构认可的质量体系认证机构对其质量体系进行审核，因此必须严格按照规范化的程序开展工作，有利于企业管理绩效的提高；
（2）更容易得到市场和顾客的认同；
（3）可以在公开媒体上宣传其认证资格，有利于提高市场形象；
（4）由于认证审核的目的是检查质量体系是否具备确保产品满足顾客要求的能力，因此质量管理体系认证相当于顾客对单位的考察；
（5）获证企业将能够在项目招标中获得某种优势；
（6）可以理直气壮地提供对产品和服务质量的承诺，从而为其带来更多的顾客，扩大其市场份额；
（7）获证企业必需接受来自认证机构的定期监督，以验证其质量体系持续满足标准的要求，并得到了不断的改进。这种来自认证机构的定期监督对获证企业的质量体系的保持发挥了重要作用；
（8）ISO9000证书得到了世界范围的承认，有利于开发国际市场；
（9）质量体系认证可以为获证企业减少来自顾客的重复评定；
（10）向其他单位提交作为原材料的产品时，可以减少接收单位的考察、监督，并降低进货检验的控制程度，从而减少了一定的成本投入
在项目招标中获得某种优势；