冷却塔为多生物体的生长和培养提供了理想的环境，非使用期间（冬季停留）加剧了这个问题，尽管一致的杀菌剂计划可以降低风险，但最好的做法是每年冷却塔至少两次，通常情况下，这种维护将在冷却季节开始时和秋季停机后的初始启动之前进行。
冷却塔盆清洗和维护
冷却塔盆应该进行清洁和消毒。北京中央空调清洗这些大面积的地区是非常关键的，因为他们有大量的冷却水，该区域汇集并允许细菌生长，这种水也被锻炼，富含氧气，为生物活动提供了良好的温床，清洗、消毒、添加合适的化学物质在季节开始能对您的设备提高个很大的运行效率。
冷却塔填料清洗方法 1、临时用塑料布搭建一个大水池； 2、将清洗剂加入清水中； 3、将填料从冷却塔中拆下来放入药池中浸泡； 4、将浸泡干净的填料用清水冲洗干净后装回冷却塔； 5、用粘有药剂的布放在冷却塔补水器上，将补水器口浸泡疏通； 6、用同样的方法将冷却塔底盘水垢进行清除干净； 7、用清水冲洗填料及塔身内外； 8、恢复系统各处，补水即可使用； 9、清洗完后给业主出清洗报告。
冷却塔长年暴露在外，风扇的吸附力很强，使大量的泥沙、污物进入塔内，长时间运行会使冷却塔慢慢的降低散热能力，布水器出水孔很容易堵塞，泥沙及污垢也很容易进入冷却水系统中去，将直接影响冷却水系统的正常制冷。为了防止上述情况发生，须对冷却塔进行定期清洗。