冷却塔为多生物体的生长和培养提供了理想的环境，非使用期间（冬季停留）加剧了这个问题，尽管一致的杀菌剂计划可以降低风险，但最好的做法是每年冷却塔至少两次，通常情况下，这种维护将在冷却季节开始时和秋季停机后的初始启动之前进行。
水冷冷水机在使用六个月的时候，要清洗冷水机的冷凝器以及水管管道。此外，要清洗冷却塔，正确的清洗方法可以按照以下步骤进行：
1、把冷却塔里面的沉积物、水垢、淤泥，以及长的青苔等清理干净，然后用清洗水枪清洗水塔的风扇、洒水器、填料、塔盘、出水槽和出水过滤网。
2、以上的各个部件清洗干净以后，启动循环水泵，在冷却塔中放入清洗剂和杀菌灭藻剂，把水的PH值控制在5.5～6.0之间，去除设备管道中的锈垢以及藻类。
3、把冷却塔清洗干净后，关闭上排污阀，重新打开补水阀，给冷却塔加满水。同时打开冷却塔的连通阀，将连通塔的水位调整平衡，以免发生溢水现象。
用户所处行业不同，水冷冷水机的出水温度也不一样，有了冷却塔，才能不断的带走水冷冷水机出来的水中的热量，如果冷却塔的散热效果不好，那么冷水机制冷效果肯定大打折扣。
冷却塔在配水冷冷水机使用时，它的功能同样是制冷。工作原理是：把携带热量的冷却水在塔中和空气进行热交换，把热量传输给空气并散入大气环境中去，以此达到给水冷冷水机提供冷却水的目的。在冷却水系统中主要起到节约用水和降低能耗的作用。
随着三伏天的到来，温度是一天比一天高。有网友留言询问，为什么水冷冷水机的制冷效果没有之前的好了？其实，这是因为冷却水塔的管道和水盆里面有海藻、杂物以及水垢的原因，另一个就是水冷冷水机的冷凝器脏了。
冷却塔长年暴露在外，风扇的吸附力很强，使大量的泥沙、污物进入塔内，长时间运行会使冷却塔慢慢的降低散热能力，布水器出水孔很容易堵塞，泥沙及污垢也很容易进入冷却水系统中去，将直接影响冷却水系统的正常制冷。为了防止上述情况发生，须对冷却塔进行定期清洗。