微生物指标：菌落总数、各种有效活菌数、杂菌率、霉菌、粪大肠菌群、大肠菌群、蛔虫卵死亡率、芽孢杆菌数、蜡样芽孢杆菌、乳酸菌、酵母数、双歧杆菌、光合细菌、固氮菌等。
常规指标： 水分、pH值、有机质、全氮、有效磷、腐殖酸、全钾等。
常量养分： 烧失量（灼烧残渣）、氨态氮、硝态氮、全磷、全硫、硫化物等。
有机物指标： 有机磷、有机氯、拟除虫菊酯、氨基甲酸酯、除草剂、杀菌剂等
农药残留： 六六六、DDT等。
其 他：砷、铅、汞、镉、氟、、亚硝酸盐、铬、铁、铜、锰、镁、锌、硒、矿物质、碘、钾、硫、钼等，纤维素酶活、蛋白酶活、淀粉酶活等。