一般在9月上旬施基肥，这时肥料有充分的时间腐熟，能让树体在休眠前吸收利用。此时施肥切断的根能很快愈合并萌发大量吸收根，提高树体对肥料的吸收利用率。施肥种类以腐熟的农家肥为主，配合少量化肥。一般幼树每株施土杂肥50至75公斤，秋施基肥不宜过深，以40至50厘米为宜。幼树可采用沟施法，健壮树采用撒施法，如发现树体有缺素症，可适当混入少量微量元素。
秋季樱花根系生长高峰到来之前，结合基肥的施入，深翻树盘，可增加深根量，蓄水保墒，提高地温。将树盘内枯枝、落叶、杂草等清理干净，集中烧毁，以消灭越冬虫原和菌源。