食品流通许可证，是对食品流通许可证的发放、发放条件、发放程序以及与食品卫生许可证的衔接等问题予以明确。2014年10月23日之前，国务院规定对食品经营者必须坚持先证后照，未取得前置审批文件，不得办理注册登记手续。2014年10月23日，国务院通过关于取消和调整一批行政审批项目等事项的决定（国发〔2014〕50号），改为后置审批，规定对食品经营者必须先照后证。
己废止，各地工商管理部门应不再办理发放新证。2015年11月10日，国家工商行政管理总局发布关于废止《流通环节食品安全监督管理办法》和《食品流通许可证管理办法》的决定（国家工商行政管理总局令第79号），决定废止《食品流通许可证管理办法》（2009年7月30日国家工商行政管理总局令第44号）。
2009年6月1日开始施行的食品安全法，我国将于6月1日起正
式启用食品流通许可证，取代已沿用了几十年的食品卫生许可证。卫生部、农业部、质检总局、工商总局、食品药品监管局5部门在食品安全的监管上，以分段管理为主，品种管理为辅，新法对食品安全的监管更为严格，今后不再发放食品卫生许可证，而改由各监管部门分段发放生产、流通许可证和餐饮许可。
国家工商总局也即将颁布《食品流通许可证管理办法》，对食品流通许可证的申请、受理、审核、发放、变更、注销以及许可证的管理等等，进行全面的规定。工商机关将依法履行食品流通主体准入管理职责，为食品经营管理者注册提供优质高效的服务。
2015年11月10日，国家工商行政管理总局发布关于废止《流通环节食品安全监督管理办法》和《食品流通许可证管理办法》的决定（国家工商行政管理总局令第79号），决定废止《食品流通许可证管理办法》（2009年7月30日国家工商行政管理总局令第44号）。