在大自然中，野生黑豚鼠是强者，它们祖祖代代生活在大自然的深山丛林、大树、竹根下或灌木丛中， 以洞为居。野生黑豚鼠由于体小力好，为了躲避豹、狼、狐、鹰、鸳等猛兽猛禽的袭击，常常只能偷偷摸摸觅食，觅食一会儿，又只能躲藏起来，肚子饿了又偷偷出来觅食；长期整日反复，便养成了昼夜行动的习性。
黑豚鼠的嗅觉灵敏，常以嗅觉辨认异性和栖息领域，母豚鼠通过嗅觉来识别异窝仔。养户人员利用黑豚鼠的这种特性，在黑豚鼠仔需要并窝或需寄养时，采用特殊的方法使其辨别不清（如在刚出生的仔身上少量涂一点香水，母豚鼠就会给异窝幼豚鼠喂奶），从而使并窝或寄养获得成功。
黑豚鼠听觉非常发达，能识别多种不同的声音，它听到的音域远大于人。当有尖锐的声音刺激时，常表现为耳廓微动以应答，即听觉耳动反射。听觉耳动反射减弱或缺失是听觉机能很好的表现。
在自然光照条件下，黑豚鼠日夜采食，两餐之间有较长的休息期。饥饿时听到饲养人员的声音特别是拿饲料的声音时会发出“吱吱”的叫声，常整群一齐尖叫。黑豚鼠愉快时能发出“啾啾”类似鸟鸣的声音。黑豚鼠属于饮食不洁的动物，如果使用的食具不得当，黑豚鼠常在食物上边吃边排便或把食物扒散、将饮水喷出。