甲醛（CH2O）：有辛辣臭味，易溶于水，对人眼、鼻有强烈刺激作用。甲醛溶液又称福尔马林，含甲醛37%～40%，有较强的腐蚀性与刺激性，是一种强还原剂。它的杀菌机理是：与微生物蛋白质的氨基结合，使其蛋白质凝固变性达到杀菌的目的。0.1%～0.25%的甲醛溶液，在6～12小时内能杀灭细菌、芽孢及病毒。对使用时间较长、污染较重的接种室（箱）或培养室，可采用甲醛与高锰酸钾混合熏蒸的方法进行彻底灭菌。常用方法有两种，一种是按每立方米空间用6～10毫升甲醛溶液与半量至等量的高锰酸钾混合进行氧化反应，放出热量，使甲醛沸腾挥发。接种室一般熏蒸12小时，接种箱熏蒸0.5小时。另一种方法是将甲醛溶液直接置小电炉或火盆上加热蒸发。此法需人看管，但效果好。因为甲醛挥发过程中水分也因加热而蒸发，提高了空间湿度，增强了消毒灭菌效果。消毒后的接种室应在12小时后，加热蒸发等量氨水或喷入3%煤酚皂液进行中和，再待6～10小时才能进入操作。
5%甲醛溶液还常用于防腐及作物种子表面消毒；用于器械消毒，浸泡1～2小时。
高锰酸钾：紫色针状结晶，是一种常用的强氧化剂。稀释1000倍到1250倍的高锰酸钾溶液都具有杀菌作用，0.5%～1%的高锰酸钾水溶液在5分钟内可杀死大多数细菌；5%的水溶液1小时内可杀死细菌芽孢，但对霉菌的杀伤力较弱；0.1%的高锰酸钾水溶液常用于皮肤、玻璃器皿的消毒，但要随用随配。因高锰酸钾可以和培养料内的有机物发生化学反应被还原成无杀菌作用的二氧化锰，故不能直接用于拌料灭菌。