卫生防疫方面要求
不同条件下传播机会不同，在防疫方面要求不同。传染病流行时，发病严重的疫区，应集中应用效力好的药物与器械。发病少的外围地区，可采用简易消毒方法。传染病院或病房，患者集中，污染严重，消毒量大，应采用固定设备和高效措施，病家消毒属于临床措施，工作量小，可采用简易措施及方法。饮水应在净化基础上煮沸，生活用水净化后加氯消毒即可。对呼吸道传染病，强调空间隔离，通风和合理的带口罩，对肠胃道病应强调用具，粪便、呕吐物消毒和接触后洗手。不同病种的消毒，应注意区别对待。病毒性肝炎患者，应用较强含氯消毒剂或氯人剂消毒，不宜应用季胺盐及来苏等一般消毒剂处理。
在消毒工作时还须注意影响消毒的因素，如消毒剂量（包括消毒的强度及作用时间），消毒物品污染的程度，消毒的温度，湿度及酸碱度，有关化学拮抗物，消毒剂的穿透力及表面张力等。
病原体的种类
不同传染病病原体各有特点，对不同消毒方法的耐受性不同。如细菌芽胞对各种消毒措施的耐受力最强，必须用杀菌力强的灭菌剂、热力或辐射处理，才能取得较好效果。故一般将其作为最难消毒的代表。其他如结核杆菌对热力消毒敏感，而对一般消毒剂的耐受力却比其他细菌为强。真菌孢子对紫外线抵抗力很强，但较易被电离辐射所杀灭。肠道病毒对过氧乙酸的耐受力与细菌繁殖体相近，但季胺盐类对之无效。肉毒杆菌素易为碱破坏，但对酸耐受力强。至于其他细菌繁殖体和病毒、螺旋体、支原体、衣原体、立克次体对一般消毒处理耐受力均差。常见消毒方法一般均能取得较好效果。
中水平消毒
杀灭除细菌芽孢以外的各种病原微生物包括分枝杆菌。达到中水平消毒常用的方法包括采用碘类消毒剂（碘伏、氯己定碘等）、醇类和氯己定碘的复方、醇类和季铵盐类化合物的复方、酚类等消毒剂，在规定条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
预防性消毒
是指未发现传染源情况下，对可能被病原体污染的物品、场所和人体进行消毒措施。如公共场所消毒，运输工具消毒，饮水及餐具消毒，饭前便后洗手均属之。医院中手术室消毒，免疫受损严重的病人，如骨髓移植病人预防性隔离及消毒措施亦为预防性消毒。