中水平消毒 杀灭除细菌芽孢以外的各种病原微生物包括分枝杆菌。达到中水平消毒常用的方法包括采用碘类消毒剂（碘伏、氯己定碘等）、醇类和氯己定碘的复方、醇类和季铵盐类化合物的复方、酚类等消毒剂，在规定条件下，以合适的浓度和有效的作用时间进行消毒的方法。
病原体的种类 不同传染病病原体各有特点，对不同消毒方法的耐受性不同。如细菌芽胞对各种消毒措施的耐受力最强，必须用杀菌力强的灭菌剂、热力或辐射处理，才能取得较好效果。故一般将其作为最难消毒的代表。其他如结核杆菌对热力消毒敏感，而对一般消毒剂的耐受力却比其他细菌为强。真菌孢子对紫外线抵抗力很强，但较易被电离辐射所杀灭。肠道病毒对过氧乙酸的耐受力与细菌繁殖体相近，但季胺盐类对之无效。肉毒杆菌素易为碱破坏，但对酸耐受力强。至于其他细菌繁殖体和病毒、螺旋体、支原体、衣原体、立克次体对一般消毒处理耐受力均差。常见消毒方法一般均能取得较好效果。
二氧化氯因为其具有杀菌能力强，对人体及动物没有危害以及对环境不造成二次污染等特点而备受人们的青睐。二氧化氯不仅是一种不产生致癌物的广谱环保型杀菌消毒剂，而且还在杀菌、食品保鲜、除臭等方面表现出显著的效果。 二氧化氯还可以用于漂白，如纺织与造纸元采用氯气漂白的都可以用二氧化氯替代。
药物消毒法 1）厕所、马桶、垃圾可用3%的漂白粉或2%氯酸钠上清液喷酒消毒，便具应浸泡1小时；患者的呕吐物及排泄物应用1%-20%双量的漂白粉充分拌匀后入置2小时。 2）房屋地面、门、窗、家具、玩具、运送工具等，可用0.2%-0.5%的过氧乙酸(过醋酸)喷雾或淋洗消毒；并按0.75-1克/立方米喷雾后密闭30分钟熏蒸。可作为居室和暴露物品表面及空气的消毒。 3）患者家属及接触者的双手可用0.2%过氧乙酸液浸泡2分钟，或用肥皂、流水冲洗数遍。 4）衣服、被褥、书籍、报纸、体验单、病历、人民币等均可用100毫升/立方米的甲醛密闭熏蒸12-24小时。