黄蜡石在形成过程中经历了构造、岩浆、变质等内动力地质作用和风化、剥蚀、搬运、沉积等外动力地质作用。构造作用产生的断裂将整个岩体分为一块块的，坠入山坡、河流中；风化作用改变了原岩的质地、色彩和纹理；长期的水流、风沙给岩石造成冲蚀和吹蚀；岩石在搬运过程中产生的滚动、碰撞，使得岩石的棱角被磨蚀，变得圆润而光滑或玲珑多变；氧化作用、交代作用和浸润作用则形成多种色彩，如铁的氧化和三价铁的长期渗透、浸染，使黄蜡石呈现出高贵典雅的黄色。不同的受力作用和过程，产生了黄蜡石不同的表现形态，原生矿料就是玉石界所称的“山料”；次生矿料的“山流水”，系石英原岩受地质作用散落在山沟、河床浅表，经长期风化、剥蚀、氧化和矿物元素浸染而成；“籽料”，则是石英原岩受地质作用分裂、滚入河流中，经过长期的水流搬运、冲刷和矿物元素浸染而成。
黄蜡石的原岩均为硅质岩，原岩受到构造变动、火山活动、热液作用等影响，产生复杂的物理和化学变化，包括重结晶、热变质等，导致矿物成分及结构构造的变化，后受构造变动的影响，岩石露出地表，与地表酸性土壤环境长期接触，或在溪流中长期磨蚀，经历染色、磨圆，形成河谷中的籽料。