高新技术企业申报流程的程序如下：
1.自我评价
企业应对照《认定办法》第十条进行自我评价。认为符合条件的在“高新技术企业认定管理工作网”。
2.高新认定注册登记
企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《企业注册登记表》(附1)，并通过网络系统上传至认定机构。
高新认定机构应及时完成企业身份确认并将用户名和密码告知企业。
3.准备并提交材料。
企业根据获得的用户名和密码进入网上认定管理系统，按要求将下列材料提交认定机构：
(1)《高新技术企业认定申请书》;
(2)企业营业执照副本、税务登记证书(复印件)
(3)经具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用(实际年限不足三年的按实际经营年限)、近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计报告;
(4)经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表(含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限);
(5)技术创新活动证明材料，包括知识产权证书、独占许可协议、生产批文，新产品或新技术证明(查新)材料、产品质量检验报告，省级(含计划单列市)以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料。