任何一种元素的缺少都会影响到作物的正常生长发育，例如，缺氮会导致植株矮小细弱，叶呈黄绿、黄橙等非正常绿色，严重缺氮时，作物显著早衰并早熟，产量显著下降，只有通过增施氮肥，才能减轻其危害。
随着设施农业（如塑料大棚等）的发展，蔬菜、瓜果对二氧化碳肥料的需求量将逐步增多。但是，长期大量地施用化学肥料，常导致环境污染。为了保持农业生态平衡，应提倡有机肥与化肥配合使用，以便在满足作物对养分需要的同时避免土壤性质恶化和环境污染。
由于一种肥料常有多种属性，除上述分类外，还有常见的其他分类方法：按肥料物理状态可分为固体和流体肥料。固体肥料又分为粉状和粒状肥料。流体肥料是常温常压下呈液体状态的肥料。
有机肥料包括有机氮肥、合成有机氮肥等。中国习惯使用的有人畜禽粪尿、绿肥、厩肥、堆肥、沤肥和沼气肥等。有机无机肥料即半有机肥料，是有机肥料与无机肥料通过机械混合或化学反应而成的肥料。