一般采用溢流方式过滤的大型鱼缸，都会在水面处开一个溢流口，直接将油膜导入过滤系统中过滤分解。
采用上滤、瀑布等方式过滤的小缸，可以在水面添加一个入水口，直接吸取油膜，动手能力不强的的话，水族店里和淘宝网上有成品，叫除油膜器。但这种除油膜器不建议使用在过滤桶上，因为其可能导致过滤桶内吸入大量空气，干扰水泵正常工作，甚至烧泵。
鱼缸里的水会因鱼类的粪便、食物残渣、水草腐叶而受到污染。在人们想象中将水中看得见的悬浮物过滤掉，使水保持清澈透明就已达到目的，其实这仅仅只是过滤的初级功能，我们通常称之为机械过滤。现代的观赏鱼缸过滤应是同时具有机械过滤和生物过滤，有时还需要物理过滤。其中尤为重要的是生物过滤。所谓生物过滤，就是通过附着在滤材上的细菌，将溶解在水中的有害物质分解或转化为无害物质。物理过滤则是利用某些材料特有的吸附功能使水净化。物理过滤只在特殊情况下短时间使用，如为了去除水中的剩余药剂等。
沉水式过滤器：在沉水式水泵下方进水口处直接装上置有滤棉或深化棉的滤盒(桶)维护简便，过滤设备价格便宜。此种过滤系统是水族商们经常推荐的，因o 其兼有过滤及增氧效果。但是其实际效果没有那么理想。用的时间长了，对于鱼缸内的杂志清除效果不佳。
过滤系统包括两方面，一方面是生化过滤，另一方面是物理过滤。
生化过滤：是以培养细菌为主的过滤方式。
我们常见的就是水妖精(气动式过滤器)以及上流行的气举。其原理就是以多孔隙的滤材上形成高氧区、水流体，用以培养硝化细菌。
物理过滤：是以抽取缸中肉眼可见废物。
通过较致密的过滤物，也就是我们常用的过滤棉，用以阻断大颗粒的废物再次回到缸内。物理过滤过程中也包含有生化过滤过程，因为过滤棉上也会培养硝化细菌生长。最常见的就是上滤。