目前洁净室净化工程中常用的处理颗粒物的方式有很多种，净化工程中，空气过滤一般需要采用中效过滤器和高中效过滤才能满足处理要求，缺点是阻力值偏大，约为100~200 Pa，需要定期清洗或更换，优点是没有二次污染。
洁净室净化工程根据污染物的类型不同，处理空气净化的方式也大不相同，且有利有弊，关于颗粒物主要有静电除尘、过滤、负离子等。气态的VOCs，主要有吸附和光催化。对于霉菌类等微生物，可依靠紫外来杀菌。净化工程期间，每种方法具备各自的独特性，即使是高-效过滤器对VOCs也是无效的。
在洁净室净化工程中，如何控制洁净室的压差呢 主要是利用空气的压力和气流的流动。洁净新风以一定的速度流入室内，使得室内“空气充盈”，空气密度大于室外，从而形成了一定的压差。不同洁净室的压差要求不同，在洁净工程时要多加注意。以下给大家列举相关规范。
《药品生产质量管理规范GMP(2010年修订)》
洁净区与非洁净区、不同洁净区之间的压差应当不小于10Pa，必要时，为了防止药品粉尘的交叉污染，在洁净室净化工程中，相同洁净度级别的不同功能区域之间也应当保持适当的压差梯度。
《医院洁净手术室建筑技术规范》GB50333-2013
洁净区对与其相通的非洁净区应保持正压，小静压差应大于等于5 Pa，大静压差应小于20 Pa。这主要是洁净等级的不同造成的，在洁净工程中应区别对待，确定合适的压差。
要维持压差，这需要合理的洁净室设计，取得新风量与静压差之间的协调，要使得“进风”多于“出风”，静压差是制定换气次数的重要参考因素。过高的静压差是没有必要的，反而会增加新风量，增加洁净室的运行成本，而若是新风量不足，达不到相应的静压差，又是不合格的。