通常将其设计为三格化粪池。新鲜的粪便通过厕所管道进入一个水箱。粪便中的沼气开始发酵和分解。由于比重不同，粪便可分为三层。或颗粒肥料。中间层是相对清晰的肥料。上层和下层包含多的和寄生虫卵。中间层包含少数量的卵。初步发酵的中间层液体通过化粪池流向第二个。在第二个单元中，第二个单元在酶分解和沉淀后溢流到第三个单元，第三个单元经过沉淀和过滤，流到下水道。

三格化粪池由相联的三个池子组成，中间由过粪管联通，主要是利用厌氧发酵、中层过粪和寄生虫卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，粪便在池内经过30天以上的发酵分解，中层粪液依次由1池流至3池，以达到沉淀或杀灭粪便中寄生虫卵和肠道致病菌的目的，第3池粪液成为优质化肥。

化粪池是一种利用沉淀和厌氧发酵的原理，去除生活污水中悬浮性有机物的处理设施， 属于初级的过渡性生活处理构筑物。生活污水中含有大量粪便、纸屑、病原虫。污水进入化粪池经过12~24h的沉淀，可去除50%~60%的悬浮物。

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