背鳍较小，具骨质硬刺，前缘光滑。脂鳍短，基部位于背鳍基后端至尾鳍基中央偏前。臀鳍基底长，起点位于脂鳍起点垂直下方之前。胸鳍侧下位，骨质硬刺前缘锯齿细小而多。腹鳍短，末端伸达臀鳍。肛门距臀鳍起点与距腹鳍基后端约相等。尾鳍深分叉，末端圆。活体背部黑褐色，至腹部渐浅黄色。沿侧线上下各有一狭窄的黄色纵带，约在腹鳍与臀鳍上方各有一黄色横带，交错形成断续的暗色纵斑块。尾鳍两叶中部各有一暗色纵条纹。
白天潜伏水底或石缝中，夜间活动、觅食，冬季则聚集深水处。适应性强，即使在恶劣的环境下也可生存，甚至离水5～6小时尚不致死。黄颡鱼较耐低氧，溶氧2毫克/升以上时能正常生存，低于2毫克/升时出现浮头现象，1毫克/升出现窒息死亡。黄颡鱼适于偏碱性的水域，pH最适范围7.0～8.5，耐受范围6.0～9.0之间。黄颡鱼对盐度耐受性较差，经过渡可适应2‰～3‰氯化钠，高于3‰时出现死亡。 [6]
黄颡鱼生存水温为1～38℃，低温0℃时出现不适反应，伏在水底很少活动，呼吸微弱，3天时间出现死亡。高温39℃出现不适现象。鱼体失去平衡，头朝上，尾朝下，呼吸由快到弱，1天左右出现死亡。
雌雄鱼的性腺发育节律基本一致：成熟系数从4月下旬开始急速上升，到5月中旬达峰，雌鱼为26.8%，雄鱼为0.98%。4月中旬以后，繁殖群体中多数黄颡鱼的性腺达Ⅳ期，卵子内卵黄大量沉积，大、中、小卵子群明显可见，精巢乳白色，多分枝，饱满而亮泽。在繁殖初期，渔获的雄鱼数量较雌鱼多，这主要与雄鱼性腺成熟较雌鱼早相关；在接近繁殖后期，渔获的雄鱼数量较雌鱼少，这可能与雄鱼有筑巢、守巢和保护后代的习性相关。