高新技术企业创新能力评价，是一个百分制的评分过程，也是高新企业认定工作中最重要的部分。主要从知识产权、科技成果转化能力、研究开发组织管理水平、企业成长性等四项指标进行评价。各级指标均按整数打分，满分为100分，综合得分达到70分以上（不含70分）为符合认定要求。
1、知识产权（≤30分）对企业申报的知识产权进行定性与定量结合的评价。
包括：技术的先进程度，对主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用，知识产权数量，知识产权获得方式，企业参与编制国家标准、行业标准、检测方法、技术规范的情况。 旧指引中“1项发明专利和6项以上其他知识产权”均属于A类，但新指引中明确了两者效用完全不一样，1项及以上发明专利等I类知识产权分为8分，而5项及以上II类知识产权分只有6分。并且明确了知识产权获得方式不同，得分也不同。即有自主研发的可得1-6分。仅有非自主研发的只能得1-3分。知识产权增加了2分的加分项。但总分仍不能超过30分。
2、科技成果转化能力（≤30分）根据企业科技成果转化总体情况和近3年内科技成果转化的年平均数进行综合评价。
科技成果转化能力的A类标准由原来的平均每年4项及以上变为了“5项及以上”，且同一科技成果分别在国内外转化的，或转化为多个产品、服务、工艺、样品、样机等的，只计为一项。已经不能再用一个知识产权转换出多个成果转化了，所以想在这项拿到满分，3年的知识产权数量需要15项以上！
3、研究开发组织管理水平（≤20分）根据企业研究开发与技术创新组织管理的总体情况进行综合评价。
4、企业成长性（≤20分）选取企业净资产增长率、销售收入增长率等指标对企业成长性进行评价。