无菌室也称接种室，是系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室。在微生物工作中，菌种的接种移植是一项主要操作，这项操作的特点就是要保证菌种纯种，防止杂菌的污染。在一般环境的空气中，由于存在许多尘埃和杂菌，很易造成污染，对接种工作干扰很大。
无菌工作区有用无菌操作台，没有的话也可以用洁净工作台代替。需要放置在离门远的地方。
无菌实验室设计的地面应使用、不渗水、不吸水、防滑、无裂隙且易于清洗的建筑材料铺砌(如耐酸砖、水磨石、混凝土等)，地面应有适当坡度(以1.0~1.5%为宜)。
无菌实验室应有充足的自然采光或人工照明，加工场所工作面的混合照度不应低于300lx，配料及灌装车间不应低于800lx。
无菌实验室空气处理净化设施
1、无菌实验室必须安装有效的通风设备，其空气流向应从清洁区域流向非清洁区域，采用机械通风时，换气量应大于3次/小时。
2、无菌实验室温度应控制在15~27℃之间，湿度以控制在50%以下为宜。
3、无菌实验室入口处应分别设有人员和物料的净化设施。
无菌实验室专辟于微生物实验室内，室外室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。所以控菌能力和控菌稳定性是无菌室的核心验收指标。业内通行的验收标准为100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落，在通行标准之外，还应该定期保养与维护。只有建设时合理的选材指标，合适净化等级和长期管理与维护，才能使无菌实验室发挥其应有的作用。