微生物实验室主洁净实验室自成一区，安排在实验室的靠边角落处。用密封门限制人员的进出，把有洁净要求的房间设置在人员干扰少的地方，把辅助房间设置在外部。考虑微生物试验操作流程，把检测室与洗刷室和培养室相邻，方便人流与物流的分离。
根据中华人民共和国卫生行业标准WS233-2002《微生物和生物医学实验室通用准则》以及国家标准GB19489-2004《实验室生物通用要求》，生物实验室分为一级、二级、三级、四级，习惯上称为P1、P2、P3、P4。二级生物实验室对人体、动植物或环境具有中等危害或具有潜在致病因子，对健康成人、动物和环境不会造成严重危害，具有有效的预防和措施。
1.接种时必须穿工作服、戴工作帽。
2.进行接种食品样品时，必须穿专用的工作服、帽及拖鞋，应放在无菌室缓冲间，工作前经紫外线后使用。
3.接种食品样品时，应在进无菌室前用肥皂洗手，然后用75％酒精棉球将手擦干净。
4.进行接种所用的吸管，平皿及培养基等必须经，打开包装未使用完的器皿，不能放置后再使用，金属用具应高压或用95%酒精点燃烧灼三次后使用。
5.从包装中取出吸管时，吸管尖部不能触及外露部位，使用吸管接种于试管或平皿时，吸管尖不得触及试管或平皿边。
6.接种样品、转种必须在酒精灯前操作，接种或样品时，吸管从包装中取出后及打开试管塞都要通过火焰。
7.接种环和针在接种前应经火焰烧灼全部金属丝，必要时还要烧到环和针与杆的连接处，接种结核菌和烈性菌的接种环应在沸水中煮沸5min，再经火焰烧灼。
8.吸管吸取菌液或样品时，应用相应的橡皮头吸取，不得直接用口吸。
净化实验室应定期进行风速监测和及时更换过滤层罩，条件有限的实验室可使用超净工作台；无菌室应配紫外线装置，在使用前后都应用紫外线灯照射，并定期进行紫外线强度和空气质量监测。