微生物实验室主要是对微生物的分离、培养、育种、鉴别、形态、变异、利用、危害等方面进行实验和研究，食品微生物实验室主要检测项目有：酵母、乳酸菌、双歧杆菌、罐头商业无菌、菌落总数、大肠菌群、霉菌、致病菌（如沙门氏菌、志贺氏菌、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌等），应该将实验室建在远离生活区，清洁安静的场所；要与生产加工车间较近的距离，方便扦样与检验。
实验室墙壁、天花板和地板光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和剂的腐蚀；实验台面防水，并可耐剂、酸、碱、有机溶剂和中等热度。 整个实验室通过科学设计，精心施工，使实验室内形成坚固、无缝、平滑、美观、不反光、不积尘、不生锈、防潮、、性能优良的无菌表面和内壳。
净化空调系统能够做到控制实验室内温度、尘埃、、有害气体的浓度和气流分布，保证室内人员所需新风量和室内合理的气流流向，并能维持整个食品微生物实验室合适的梯度压力和定向流动，实现“无菌环境保障体系”的目的，减少实验全过程中一切潜在的感染危险。
环境参数：相对于实验室外部，实验室内部保持负压。实验间的相对压强以－30Pa～－40Pa为宜，缓冲间的相对压强以－15Pa～－20Pa为宜。实验室内的温、湿度以控制在人体舒适范围为宜，或根据工艺要求而定。实验室内的空气洁净度以GB 50073—2001《洁净厂房设计规范》中所定义的七级至八级为宜。实验室人工照明应均匀，不眩目，照度不低于500lx。