微生物实验室自成一区，与其他实验室分开，门口设有门禁，只有相关人员刷卡后才能进入。微生物实验室面积310㎡，设有一间局部百级的检测室，一间检测室，一间致病菌检测室，一间洗刷室，一间霉菌培养室，一间培养室，一间微生物仪器鉴定室，一间培养基制备室，一间菌种保存室。
实验室主题框架为彩钢板玻璃隔断，颜色为哑白色。隔断普通玻璃厚度为8MM，为防止沉积灰尘，窗料使用R25MM铝合金圆弧压线；所有二维连接处的内侧均使用R50MM铝合金内圆角，暴露在外的二维连接线的外侧则用R100MM铝合金外角连接。
实验室墙壁、天花板和地板光滑、易清洁、防渗漏并耐化学品和剂的腐蚀；实验台面防水，并可耐剂、酸、碱、有机溶剂和中等热度。 整个实验室通过科学设计，精心施工，使实验室内形成坚固、无缝、平滑、美观、不反光、不积尘、不生锈、防潮、、性能优良的无菌表面和内壳。
净化实验室应定期进行风速监测和及时更换过滤层罩，条件有限的实验室可使用超净工作台；无菌室应配紫外线装置，在使用前后都应用紫外线灯照射，并定期进行紫外线强度和空气质量监测。