在决定无尘车间的设计之前，必须仔细考虑工厂的工作性质和气流条件。在粉尘排放量较大的无尘车间内，不要使用地面送风，以免进入其他需要清洁的工作场所。 无尘车间必须防止外界空气进入室内，室内必须保持正压才能达到目的。为了获得必要的室内压力，必须添加适当的新鲜空气。
无尘车间的设计并不像想象的那么简单，它是一个大工程，需要消耗大量的能源，尤其是空调。因此，在设计和施工中，必须注意节能措施、系统和区域划分、风量计算、温度和相对湿度的确定。在该区域，为保证无尘车间的全过程调节，空调箱应根据气候条件选择自动控制装置。另外，空调房设计在无尘车间内。这样既节约了能源，又使气流组织更加合理。
首先，要选择符合自身需求的无尘车间地面材料。常见的无尘车间地面，分为涂布型地面、粘贴性地面、水磨石地面、金属隔栅通风地面等。涂布型无尘车间地面，按照材料的不同，又分为聚氨酯涂料、环氧树脂和聚酯树脂砂浆。这种无尘车间地面，附着力强，易施工，弹性好，耐水、耐腐蚀。
由于无尘车间要保持相应级别的洁净度，所用建造材料都应满足一定的要求。无尘车间地面，要求平整、耐磨、易清洗、防静电、不严重反光、美观耐用。无尘车间地面材料的选用尤其关键，具体使用哪种材料，应结合无尘车间建设方的预算来确定。