相互有影响的生产工艺，不宜设在同一个建筑物内，当设在同一个建筑物内时，各自生产区域之间应有有效的隔断措施。生产发酵产品应具备发酵车间。
食品工业洁净用房应根据食品生产对除尘和无菌生产要求的高低分级。洁净用房应明确其中生产的关键区域，分别定级。
人员进出的管理。
凡进入净化车间的人员须进入(严禁从原材料和成品缓冲区进出)，首先进入换鞋区，换好净化鞋后，分别进入相应的衣帽间，脱下外衣，换上洁净工作服，然后进入风淋室，严格按照《风淋室使用规程》的规定，风淋后进入净化车间内。
进入净化车间的人员不得佩带与生产无关的饰品，如手机、MP3、MP4、收音机等电子产品不得带入车间；净化车间内与产品接触的工作人员须佩戴手套。
车间内墙面、天花板表面应平整、光滑、无裂缝、界面紧密、无颗粒脱落、耐清洁、耐酸碱。墙面、地板、天花板的连接处应呈弧形，踢脚板不应高于墙面。当使用轻质材料进行熔炼时，应采取防撞措施。
辐射: 电离辐射和电磁波辐射（包括紫外线[波长190～350nm]、红外线[波长0.77～1000μm]、微波[波长1～1000mm]）。
过滤:以物理的方法除去介质中的微生物。常将空气或液体中的微生物及杂质用不同材料制成的薄膜滤器过滤得到无菌、无杂质的空气或液体。滤过病毒的滤膜孔径为25 ～100nm；滤过的滤膜孔径为0.22～0.45μm。