运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
为了使化粪池系统持久耐用，需要分解冲入其中的废物。加快固体降解并增加水箱中数量的一种方法是，将1/2杯干烘烤酵母冲到马桶上。酵母能促进系统所需的生长，并能分解正在慢慢充满化粪池的废物。
如果您不希望将马桶上的酵母菌冲洗掉，您可以采用另一种的方法处理化粪池清理系统，那就是利用冰箱里的一些旧西红柿。只需从冰箱后部抓起较旧的或烂的西红柿，就可以将它们磨碎到垃圾处理场中，从而促进化粪池中的生长。
化粪池清理的具体流程
1.用铁钩打开化粪池盖板，然后用长竹竿(8m)搅动化粪池内的杂物粘结层。
2.将真空吸粪车开到工地，将吸粪软管(长5米，3根)放入化粪池。
3.启动吸粪车的开关，将粪污吸出，直到化粪池中的溶粪块基本吸出，防止作业现场和路人的衣服弄脏。
4.盖上化粪池的井盖，用清水冲洗作业现场和所有工具。
5.化粪池一般一年布置一次，但要看化粪池的应用状况。如果用量大，需要缩短布置时间，否则会形成溢流槽。90%的一级池清理运输，75%的二级池清理运输，三级池的硬质外观完全清理运输。
6、整理后，目视井内无产品漂浮，清理出入口，防止污水溢出地面。