化粪池的清掏周期与粪便污水温度、气温、建筑物性质及排水水质、水量有关。清掏周期过短，则化粪池粪液浓度过高，与实际清掏周期差距过大，影响正常发酵和污水处理效果，甚至造成粪液漫溢，影响环境卫生。
运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
实践证明：清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。上元门水厂宿舍区平房群共用化粪池，使用人数200人，生活污水标准每人30L/d，污泥量每人0.4L/d，进入化粪池新鲜污泥含水率取95%，发酵后污泥含水率取90%，设计清掏周期选取12个月，经计算化粪池容积为21m3。
一般三个池的比例应该是2: 1: 3。一个池应该储存20天，二个池应该储存10天，三个池应该储存30天。化粪池的有效深度为1000毫米，较多不小于900毫米，与化粪池的上部空间相比，池深约为1150毫米。