运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
每人每天大小便的排泄量约为1.5L，节水型座便器的冲水量可按2计算。因此一和二池塘的较小计算容积不能小于3.5升.三个池的容量取决于服务周期，通常不小于一个和二个池的总和。如果是抽水马桶，化粪池的容积可以适当加大。
三格比例：一池和二池体积不同，对寄生虫卵沉淀效果有一定影响。如果一池容积太小，粪便存放时间短，达不到粪便分解沉淀的目的，粪便和鸡蛋可能进入二池，增加二池的负担，容易造成粪便管堵塞。如果二池容积相对较小，粪便在二池停留时间较短，粪便无害化处理效果较差。
寄生虫卵一般集中在粪皮和粪渣中。所以粪管要放在寄生虫卵少的中间粪液里。过粪管应倾斜安装在两个隔墙上：一池至二池的过粪管下端位于一池的下三分之一处，上端距二池顶部约100mm从二个池塘到三个池塘的粪肥，输送管的下端位于二个池塘的下三分之一或中间一半处，上端距离三个池塘的顶部约100。粪便通过管和隔墙之间的水平角度应为60。