运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
实践证明：清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。上元门水厂宿舍区平房群共用化粪池，使用人数200人，生活污水标准每人30L/d，污泥量每人0.4L/d，进入化粪池新鲜污泥含水率取95%，发酵后污泥含水率取90%，设计清掏周期选取12个月，经计算化粪池容积为21m3。
为了使化粪池系统持久耐用，需要分解冲入其中的废物。加快固体降解并增加水箱中数量的一种方法是，将1/2杯干烘烤酵母冲到马桶上。酵母能促进系统所需的生长，并能分解正在慢慢充满化粪池的废物。
仪器检查化粪池是否有有毒气体。在没有气体的情况下，组织车辆泵送化粪池内的漂浮物，用污水泵泵送漂浮物，然后从化粪池排出水。
在二级处理中，用高压清洗车稀释沉积的粪便和污泥，释放化粪池底部隐藏的气体，排出化粪池中的污水，再次检测化粪池是否含有有毒气体。