水封器通常安装在罐体的一侧。根据罐体安装图，将水封器连接到气柜进出气管道上。水封器保护压力的数值是和水封器内的水封深度有关的，其换算关系是1cm水柱对应100pa压力。安装好后，向水封器内加水，在水封器的顶部均有一个的进水口，从此进水口向水封器内注水，同时需要观测水封器侧面的玻璃液位指示管，一般来讲，水封器的正压保护设置在2.5KPa。比较合适器内的水位要在20cm-30cm之间，上下浮动不要太大，水位添加尽量准确。
北方冬季寒冷，保护期内水会结冰，从而失去保护作用，因此在加水时，还要加入适量的防冻液，确保正、负压水封器正常启动运行。
水封器由进气管、出气管、进水阀门、排污阀组成，水封器外部有一玻璃液位指示管，上部设有一个进水口，通过此口向水封器内加水。下部相应配有一个放水口。进出气管与主管相连接。由于水的密封作用，沼气无法倒流，从而达到防止沼气倒流的目的。