水母型的体壁结构与水螅型基本相似，也是由两层上皮肌肉细胞中间夹有中胶层构成，但水母型的中胶层远较水螅型发达。体壁围绕的胃循环腔也较发达，它或是一个简单的囊，或是被膜分隔成4个胃囊，由胃囊向伞缘伸出4条（水螅纲水母）或更多的（钵水母）辐射管，并与伞缘平行的环管相连，由环管也可伸出离心的小管进入触手，直达触手末端。在伞缘或触手基部有感觉器官，例如眼点或平衡囊。
大多数水母的辐管、触手及感官均呈四辐射对称。触手是刺胞动物重要的结构之一，虽然某些水螅型与水母型完全缺乏触手。触手基本上可分为两种形态，一种是头状的，短小，刺细胞集中在触手端部，组成帽状结构，一种是丝状的，细长，刺细胞沿触手全长呈环状或瘤状分布，这两种触手或单独存在于不同的种，或同时存在。触手的数目、结构、排列方式在不同的种不同，触手或由于胃腔的伸入而中空，或由胃腔细胞充满而呈实心结构。触手的数目也常随动物年龄的增加而增加，触手的基部也常膨大，是感觉细胞或刺细胞集中的结果。
身体也区分成上伞面及下伞面，无缘膜、伞缘具有一圈触手，不同的种触手的数目不同，触手或实心或空心，或长或短，也有少数种没有触手，例如根口水母类。伞缘具有感觉器官，也称为触手囊，数目为4或4的倍数，海月水母有8个，呈缺刻状，因此将伞缘分成了8片。下伞中央的垂唇末端向外延伸，形成4个或8个口腕，口腕向中心的一侧有沟。
钵水母类的神经结构也是由外胚层形成的神经网，也具有突触传导。原始的种类例如立方水母类（Cubomedusae），也像水螅水母一样，在伞缘具有两个神经环。但多数的钵水母类已不存在这种伞缘神经环，而是神经细胞集中，形成4个或8个神经节分布在伞缘的触手囊中。显然，其中含有起博点神经元，因为如果切去全部的神经节，水母则失去博动的能力，如果切去部分神经节，甚至只留一个神经节，水母仍能做有节奏的收缩运动。所以神经节中含有起博点神经元，它控制着水母类的肌肉收缩运动。