1. 功能区别：
1.1 公众号主要服务于企业和个人的营销与信息传递（服务号兼顾了一部分产品应用与服务能力），而小程序主要面向产品与服务。
1.2 公众号为用户提供了一种面向广大微信用户的新信息传播方式，构建与读者之间体验更好的沟通与管理模式，结合H5以后，公众号也能够提供一些简单交互功能，但是体验不是很。
1.3 小程序与公众号在开发语言、设计规范、营销方式、审核机制等功能方面均有较大不同；小程序主要旨在提供具体服务，小程序运行更流畅，能够提供更加复杂的产品与服务。
2. 入口区别：
系统给了小程序独立的统一入口让小程序不至于淹没在用户聊天或公众号列表中；另外小程序也支持公众号菜单和推文链接、朋友圈分享太阳码、群与小程序、附近小程序之间的互动与导流；截至目前，系统一共为小程序提供了40多类入口，这些入口善加利用可为小程序带来大量长尾流量。
3. 体验区别：
3.1 技术区别：谈到小程序和公众号的体验区别就得谈一下底层的技术区别，因为这是小程序和公众号用户体验不同的根源。
3.1.1 小程序类似于系统内优化过的CS结构（客户端—服务器结构）应用，但并不像传统CS结构应用一样需要安装客户端软件，小程序通过WebSocket等连接技术实现双向通信、通过本地缓存图片与UI空间等程序框架降低与服务器交互延时，通过系统底层技术优化实现了接近原生手机APP的体验。
3.1.2 公众号是典型的BS结构（浏览器—服务器结构）应用，公众号应用主要基于传统H5开发与运行，而传统H5运行环境是浏览器，浏览器应用的特点是每次刷新页面都要去服务器取一遍内容，因此体验明显偏慢和不流畅。
3.1.3 从两者的系统权限方面，小程序能够通过APP获得更多的系统权限，比如网络通信状态、数据缓存能力等。在此机制下，APP相当于架在原有系统中的新的操作系统，小程序借助系统与系统间接交互，使得能够拥有原生APP的体验。而这一点恰巧是原有公众号内的H5 web 应用的不足，因此，H5应用主要用于业务逻辑与交互简单的应用中，wboll认为未来体验良好的应用都应该用小程序重构或者建立。
3.2 说完技术上的区别我们再去谈体验问题就非常的清晰了。公众号中原有H5应用点击功能后经常顶部出现绿色进度条需要等一段时间（有时候是很长时间），对于业务逻辑复杂交互要求高的应用使用起来体验就非常差。而小程序非常流畅几乎无需等待，类似普通APP操作后切换一样流畅。主要原因是公众号没有本地缓存，所以每次打开都是会请求服务器刷新页面，造成延时较长、体验下降，小程序中UI与图片已经本地缓存，只需请求服务器端数据，页面切换并不刷新，所以体验上才能媲美原生APP。