能源管理体系认证审核通常分两个阶段进行：
（1）阶段审核：包括文件审核和现场审核，其中现场审核的主要目的是：
——了解组织的能源管理体系建立和运行的情况，并确认是否做好了认证审核阶段的准备；
——了解组织能源评审的实施以及能源基准的建立情况；
——确定审核策划的重点，识别组织对能源绩效和能源管理体系绩效的评价方式以及能源管理体系确定的主要能源使用，将影响主要能源使用的重要运行参数和其它相关变量控制确定为重要审核点，识别应配备的专业审核资源并与组织就第二阶段审核的详尽安排取得共识。
（2）第二阶段审核：在组织的现场收集审核证据，以判断组织的能源管理体系建立与实施是否符合GB/T 23331《能源管理体系要求》和《能源管理体系 行业认证要求》的规定，组织的能源绩效是否持续改进。
初次认证审核的内容
现场审核应覆盖本规则和认证依据的所有要求。重点关注以下内容：
（1）与能源管理体系有关的国家法律法规和其他要求符合性的情况；
（2）能源管理体系建立和运行与GB/T 23331《能源管理体系要求》和《能源管理体系 行业认证要求》的符合性、适宜性、充分性和有效性；
（3）在阶段审核中确定的重要审核点的监视、测量和控制措施的充分性和有效性；
（4）重要审核点的能源指标完成情况、能源消耗控制情况或能源绩效改进情况；
（5）能源评审的时间间隔的合理性及能源评审的充分性和有效性；
（6）对能源绩效参数的确定和调整情况；
（7）能源目标和能源指标的实现情况、能源绩效改进情况，包括可比综合能耗指标及变化的情况；
（8）能源绩效出现重大偏差时，是否进行了原因分析并采取了相应的改进措施，改进效果的验证；
（9）能源管理体系的自我改进及完善机制的持续性和有效性。
审核方式
现场审核应通过现场观察、询问及内外部相关资料的查阅、能效数据的收集、核算等方式实施。
认证决定
审核报告
审核组应对审核活动形成书面报告，审核报告应对组织能源管理体系的符合性和有效性进行描述和评价。其中，对能源目标、能源指标、能源绩效情况应有量化表述，对测量和验证方法进行简要描述，并对组织的能源管理体系在促进能源绩效持续改进方面的作用做出评价。
认证决定的条件
在组织的能源管理体系建立及运行符合GB/T23331标准要求的前提下，还应满足以下条件：
（1）组织的能源管理及绩效符合国家及行业的相关法律法规要求，包括达到国家和地方政府发布的单位产品能源消耗限额标准要求（适用时）；
（2）组织的能源管理及绩效满足《能源管理体系 行业认证要求》中规定的相关条件；
（3）通过能源管理体系的运行，组织的能源管理水平得到了有效提升；
（4）认证审核期间没有受到相关执法监管部门的处罚。