在生物质和石化资源被利用的过程中，它们突出的区别是它们对环境的影响不同 ：当生物降解，它释放的大多数化学物质返回环境被生物体再利用 ；然而，石化资源长期深埋地下，在未被开采及利用前，能较稳定的存在，且对环境的影响较小，但是当它燃烧时，大量的石化过程中沉积的如硫、重金属等物质被释放出来且很难为生物体利用，由此造成严重的环境污染，如酸雨等。 所以，相对于石化能源，生物质燃料具有许多特有的环境价值。 它能减少气候变化，土壤侵蚀、水污染和垃圾堆积的压力、提供野生生物居住环境和帮助维持更好的生态健康等 ;在生物利用和再生的碳循环中，生物燃烧不会产生净 CO2的释放，所以对温室效应的影响也比较小 ；燃料后产生较少生物残滞，且还可以用作生物化肥。
原材不同主要划分为秸秆类和木质类的，其中比如：玉米秸秆，小麦秸秆，稻草，稻壳，花生壳，豆秸秆，辣椒杆，棉杆等属于秸秆类，这类的原材料加工出来的生物质成型燃料适合中大型锅炉，以及火电厂使用。
颗粒状燃料一般市场上常年的属于8-10毫米直径的颗粒燃料，圆柱形，生产成本高于块状的；块状的尺寸为3.3×3.3cm四方块，产量高，价格实惠除了糠醛渣当属目前实惠的燃料，一般更受中大型锅炉青睐。
生物质能源中的有害物质含量很低，属于清洁能源。
生物质能源的转化过程是通过绿色植物的光合作用将二氧化碳和水合成生物质，实现二氧化碳“零”排放。
农作物秸秆与矿井开采相比，危险性小，易管理，且属于废弃物利用。