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有些代理记账公司没有与委托单位签订正式的委托代理合同，对双方的权利、义务缺少明确的规定，在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任。因此在选择代账公司的时候，企业就要更加谨慎。

财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。

会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。

会计核算方面尚存在许多不规范之处，一些会计核算未能以权责发生制为基础，对所代理公司未按《公司法》计提法定公积金、法定公益金的现象也较普遍，代理编制的年度财务会计报告都只有基本会计报表，均未按制度规定的要求提供会计报表附注的内容等。

代理记账机构及其从业人员的义务：

（1）按照委托合同办理代理记账业务，遵守有关法律、行政法规和国家统一的会计制度的规定；

（2）对在执行业务中知悉的商业秘密应当保密；

（3）对委托人示意其作出不当的会计处理，提供不实的会计资料，以及其他不符合法律、行政法规和国家统一的会计制度规定的要求，应当拒绝；

（4）对委托人提出的有关会计处理原则问题应当予以解释。