制药冻干机适用大部分病菌、芽孢杆菌、病毒感染、噬菌体、立克次体、和酵母菌等真空泵冷冻干燥储藏，但是不适合黄曲霉菌的型、菌类、藻类植物和疟原虫等。其操作方法如下所示：
1、安瓿管提前准备
安瓿管原料以中性化夹层玻璃合适。清理安瓿管时，首先用2%硫酸泡浸留宿，饮用水冲干净后，用纯净水泡浸至pH中性化，干后、贴标签，标出来菌号及时长，添加药棉塞后，121℃下高压15-20min，预留。
2、保护剂的挑选提前准备
保护剂类型应该根据微生物菌种类型挑选。配置保护剂时，需要注意其浓度值及pH值，及其方法。如血清蛋白，可以用过滤；牛乳先要脱油，用离心式方式除去顶层植物油脂，一般在100℃间歇性烧开2-3次，每一次10-30min，预留。
3、干冻样品提前准备
在zui合适的培养条件下将细胞培养基至静止期或成熟，开展纯净度检查的时候（参照国家科技部当然高新科技资源共享平台协同管理方法办公室文件《微生物菌种纯度检测技术规程》（实施）），与保护剂搅拌均匀，分装。微生物培养物浓度值以体细胞或胞子不得少于108-1010个/ml合适（以大肠埃希菌为例子，为了能获得每毫升1010个体细胞菌液2mL-2.5mL，仅需10mL琼脂粉斜坡两只）。选用比较长的孔状滴定管，立即滴进安瓿管底端，切记不能溅污上端壁厚，每管分装量约0.1-0.2mL，倘若球型安瓿管，装量为大半个球部。倘若液体培养的微生物菌种，应离心式除去培养液，再将培养物与保护剂搅拌，再分装于安瓿管内。分装安瓿管时长要尽量短，在1-2小时之内分装结束并预冻。分装时要注意在无菌检测环境下实际操作。
4、预冻
一般预冻2个小时以上，温度做到-20℃到-35℃以内。
5、冷冻干燥
选用冷冻干燥机进行冷冻干燥。将冷冻后的试品安瓿管放置冷冻干燥机设备烘干箱内，逐渐冷冻干燥，时长一般为8-20钟头。
停止干燥时间应依据以下情况判断：
—— 安瓿管中干冻物呈酥小块或疏松块状
—— 真空值贴近满载时的zui低值
—— 试品温度与管内温度贴近
—— 采用1-2支对照料，其水分与菌悬液同量，视作干躁完成
—— 采用一个安瓿管，装1-2%氯化钴，如变深兰色，可以看作干躁完成
冷冻干燥完成后，取下试品安瓿管放置烘干机内，预留。
6、真空封口及真空泵检测
将安瓿管头颈用环火苗拉细，随后选用机械泵真空包装，在真空泵环境下将安瓿管头颈加温熔封。
熔封后干燥管可采取高频率火花放电真空泵检测仪测量真空值。
7、储藏
安瓿管应超低温遮光储藏。
8、质量检测
冷冻干燥后提取若干支安瓿管开展各项指标查验，如成活率、生产量、形状基因变异、霉菌环境污染等。