茅台酒的酒窖建设也颇有讲究。从窖址选地、窖区走向、空间高度，到窖内温湿度控制、透气性能，以及酒瓮的形式、容量、瓮口泥封的技术等，都极为严格。这些都是关系到成品酒的再熟化、香气纯度再提高的关键。酒窖里每天要有人检查，开关透气孔，控制温湿度。
茅台酒以本地优质糯高梁为原料，用小麦制成高温曲，而用曲量多于原料。用曲多，发酵期长，多次发酵，多次取酒等独特工艺，这是茅台酒风格独特、品质优异的重要原因。酿制茅台酒要经过两次下料、九次蒸煮、八次摊晾加曲（发酵七次）、七次取酒，生产周期长达一年，再陈贮三年以上，勾兑调配，然后再贮存一年，使酒质更加和谐醇香，绵软柔和，方准装瓶出厂，全部生产过程近五年之久。
三高是指飞天茅台酒生产工艺的高温制曲、高温堆积发酵、高温馏酒。飞天茅台酒大曲在发酵过程中温度高达63℃，比其他任何名白酒的制曲发酵温度都高10-15℃；在整个大曲发酵过程中可优选环境微生物种类，后形成以耐高温产香的微生物体系，在制曲过程中首先做到了趋利避害之功效。
高温堆积发酵是中国白酒生产敞开式发酵为经典和独创之作，也是其他名白酒工艺所不具有的。飞天茅台酒高温堆积发酵是飞天茅台酒网络利用自然微生物，进行自然发酵生香的过程，也是形成飞天茅台酒
主要香味物质的过程，其堆积发酵温度高达53℃。通过高温堆积发酵，形成飞天茅台酒特殊芳香物，也通过微生物细胞蛋白产生氨基酸等营养物质。
高温馏酒：蒸馏工艺本身是固液分离的技术，但飞天茅台酒生产工艺的蒸馏与其他白酒完全不同。飞天茅台酒的蒸馏馏酒温度高达40℃以上，比其他白酒高10-20℃，主要目的一是分离飞天茅台酒经发酵的有效成份；二是去除发酵过程中的副产物或不利物质或低沸点物质，是飞天茅台酒饮用不口干、不上头的一个重要原因。
飞天茅台酒工艺的季节性生产指飞天茅台酒生产工艺季节性很强。飞天茅台酒生产投料要求按照农历九月重阳节期进行，这完全不同于其他白酒随时投料随时生产的特点。采用九月重阳投料一是按照高粱的收割季节；二是顺应茅台当地气候特点；三是避开高营养高温生产时节，便于人工控制发酵过程，培养有利微生物体系，选择性利用自然微生物；四是九月重阳是中国的老人节，象征天长地久，体现中华民族传统文化。