无尘室洁净度之维持和控制，除了硬件设备的投资外，也需要良好的软件—管理制度来搭配，才能保持良好的洁净度；无尘室运行和管理，可依作业人员、原物料、设备及无尘室内所用东西等加以探讨；无尘室内系统除了通称的空调系统之外，制程设备也包括在内，系统运行维护及保养需要经过培训的专业人士来执行。
工作人员会带入尘埃，那么所有的物料及设备也会影响无尘室的清洁。在物流和设备进入时，要做到不将任何微粒或微生物带入室内。工作人员要在无尘室内穿着洁净衣服，用无尘纸擦拭物料和设备。搬运时也要为地板铺上已经清洁过的不锈钢板，防止破坏地板。
除了防止微尘进入，无尘室也要设置净化空调系统、水电系统、生产工艺设备等各类设备设施，来确保无尘室内的空气洁净度级别使用符合产品生产工艺的要求。在系统正常运行中，维护也是必不可少的。比如，空气过滤器是否疏通正常、密封垫是否牢固、送风机轴承的运行是否处于正常状态等。每一项都影响了系统的运行，因此不可遗漏。
进入无尘车间须知
(1)进入无尘车间应穿干净鞋具，不得带油渍、污泥入内;
(2)室内不得吸烟、饮食和饮水;
(3)焊接、切割、凿洞等有尘作业必须加以控制，防止碎屑大范围扩散，每天工作结束时应将垃圾搬出室外倒入规定处;
(4)施工材料堆放整齐;
(5)室内严禁大小便;