无尘室洁净度之维持和控制，除了硬件设备的投资外，也需要良好的软件—管理制度来搭配，才能保持良好的洁净度；无尘室运行和管理，可依作业人员、原物料、设备及无尘室内所用东西等加以探讨；无尘室内系统除了通称的空调系统之外，制程设备也包括在内，系统运行维护及保养需要经过培训的专业人士来执行。
经测试分析，无尘室的微污染中80%是工作人员带来的。当工作人员进出无尘室时尘埃有显著增加，洁净度立刻劣化。因此在工作人员进入无尘室前要做好清洁擦拭等防尘动作，且企业也要对工作人员进行培训，并制定相应的章程和制度等。
进入无尘车间须知
(1)进入无尘车间应穿干净鞋具，不得带油渍、污泥入内;
(2)室内不得吸烟、饮食和饮水;
(3)焊接、切割、凿洞等有尘作业必须加以控制，防止碎屑大范围扩散，每天工作结束时应将垃圾搬出室外倒入规定处;
(4)施工材料堆放整齐;
(5)室内严禁大小便;
建造一个合格的电子无尘车间需要考虑多个因素，包括空气过滤、控制粉尘、静电消除、温度和湿度控制以及合适的设备和工作流程。空气过滤：安装的空气过滤系统是建造无尘车间的关键。使用HEPA（颗粒空气）过滤器能够有效地捕捉微小颗粒物，防止灰尘和污染物进入车间。