重庆公司注册资本减资要按照如下流程进行减资：
1、由股东表决通过。有限责任公司股东会对减少公司资本作出决议，经代表的2/3以上由表决权的股东通过。股份有限公司减少资本也由股东大会作出决议。股东大会作出决议，经出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过。公司作出减资决议时，公司减少资本后的注册资本不得低于法定的低限额。
股东会决议内容包括：①减资后的公司注册资本；②减资后的股东利益、债权人利益安排；③有关修改章程的事项；④股东出资及其比例的变化等。
2. 编制资产负债表及财产清单。
3. 通知或公告债权人。《公司法》百七十七条规定，公司应当自作出减少注册资本决议之日起10日内通知债权人，并于30日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自次公告之日起45日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的说明。
4.履行相应的变更登记手续。注册资本属于公司的工商登记事项，公司资本的减少应当向登记机关办理变更登记。（自公告之日起45日后申请变更登记）